Núñez, que reemplazó al argentino Alexis Mac Allister en la recta final del partido (77), tardó únicamente cuatro minutos en aprovechar un error defensivo del Newcastle.
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"Nos vamos tristes", dijo el técnico tricolor, Álvaro Gutiérrez.
FIFA reiteró su "compromiso absoluto", a través de un comunicado, de respetar la integridad de todas las personas y por ello condenó "con el mayor vigor cualquier comportamiento contrario".
El futbolista uruguayo es figura en Brasil, donde juega en el Flamengo.
Por su parte, el presidente de la Federación Española de Fútbol dijo que no dimitirá de su puesto.
La Liga Profesional de Fútbol Femenino reclamó la inhabilitación de Luis Rubiales y el jefe de gobierno español en funciones, Pedro Sánchez, tachó el beso forzado de gesto "inaceptable".
La jugadora de la selección española, Jenni Hermoso, delegó la defensa de sus intereses en sus agentes y en su sindicato, que pidió "medidas ejemplares" por el hecho.
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"El Loco" Sebastián Abreu se enfureció cuando el árbitro había adicionado 6 minutos y luego validó un gol a los 9 minutos, a instancias del VAR.
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El partido ante Chile se disputará en el Estadio Centenario el viernes 8 de setiembre a partir de la hora 20.